司法实践中，存疑不起诉的落实存在以下问题：一是性质认识不到位，部分检察机关为避免存疑不起诉的“高风险”，会选择以相对不起诉替代。二是释法说理不到位，基于多方因素考虑，不起诉说理可能较为粗糙。三是矛盾化解不到位，此类案件往往难以重新提起公诉，对于存疑不起诉案件被害人救助相对较少，导致被害人的权益未能得到保障，矛盾未能有效化解。

 

　　正确适用存疑不起诉，应注意以下几点：第一，坚持程序正义排除非法证据。程序正义是实现实体正义的前提和保障，检察机关诉前审查应当严格排除非法证据，确保据以定案的证据均经法定程序查证属实。第二，提高诉讼效率保障当事人权利。退回补充侦查是存疑不起诉的前提，但应根据案件实际情况对于没有必要二次补充侦查的案件应及时作出不起诉决定，以此提高诉讼效率，同时也可以防止因强制补充侦查导致长期羁押等侵犯当事人权利的现象。第三，贯彻“存疑有利于被告”的原则。对于证据不足而导致事实存疑的情况应区别对待，贯彻“存疑有利于被告”的原则，在罪与非罪之间存疑的，应作出不起诉的决定；在重罪与轻罪或量刑轻重之间存疑的，应按轻罪或轻刑作出起诉决定。第四，正确掌握“合理怀疑”的界限。“合理怀疑”应该是基于一定的证据产生的，而不是凭空想象，同时“合理怀疑”应具有一定的现实可能性，合乎常理而不能违背常理。

 

　　同时，存疑不起诉是疑罪从无原则在审查起诉环节的贯彻，有利于保障当事人权利，但存疑不起诉只是终止了刑事诉讼，对于业已破坏的社会关系未能进行修复，刑事司法的目的也未能实现。鉴于此，存疑不起诉制度还需多方面进行完善：一是要规范重新起诉程序。要明确发现新证据的主体及程序，规范重新起诉程序，同时要规范存疑不起诉与重新提起公诉的衔接。二是加强存疑不起诉文书的释法说理。检察机关应当努力通过释法说理使当事人接受它、尊重它，同时要告知被害人及其近亲属可以申请复议，也可以自行起诉，从实质行为上辅正释法说理的完整性和必要性。三是要完善存疑不起诉被害人救助机制。检察机关在充分适用存疑不起诉制度的同时，应转变执法办案观念，积极开展刑事被害人救助工作，依托检察机关现有职能，履行好告知义务，使符合条件的被害人及时向控告申诉部门申请启动救助程序。